道教產生於中華民族社會底層。特別是早期的道教支派五斗米道，更是方仙道與西南少數民族巫術相結合的產物。這使得早期的道教不可避免地受到原始巫術的影響。例如道教中的塗炭齋，明顯是上古巫術的遺存。類似塗炭齋這樣的齋儀，社會上層人士看來是有些荒誕可笑的。
三國時期，割據漢中的五斗米道天師張魯投降曹操。張魯被迫內遷洛陽，五斗米道中心也從漢中移向中原，影響進一步擴大。都城洛陽及周邊很多計程車人貴族加入五斗米道。這些貴族對五斗米道很多原始的道法規儀不滿，後來遂獨立門戶，形成了道教中的“貴族”支派--上清派。
上清派奉南嶽夫人魏華存為始祖。魏華存是西晉開國丞相魏舒的女兒，民間尊奉其為“二仙奶奶”。魏華存本信奉五斗米道，在教中任祭酒之職。
祭酒是五斗米道中的小頭目。按史書《三國志》的記載，剛入五斗米道的人，被稱為“鬼卒”；受道已信，稱為祭酒；再往上就是治頭大祭酒和天師了。魏舒在《晉書》中有傳，其中有很多類似神蹟的描寫。看來魏華存信奉道教是有家學淵源的。
魏華存身為祭酒，對五斗米道的修行和儀軌非常熟悉。但她對這些法門並不十分滿意，因而最後破門而出，創立了新的教派。
開宗立派並非易事，為此南嶽夫人魏華存不得不採取非常手段。她開創了上清派傳承常見的一種模式：真靈下降。神仙下凡直接傳授道法。傳授魏夫人道法的重要神祇有西漢道士王褒，以及西王母等。這種方式，被後世的道士熟練掌握。
上清派的實際傳法人為二代祖師楊羲真人。楊羲四歲時魏夫人便已羽化。若干年之後，楊羲號稱得到了魏夫人下降傳授，口授了很多上清派經籍，正式形成道教上清派。
上清派從根基上撼動了五斗米道。五斗米道信奉的最高神為太上老君。上清派為了與之抗衡，直接抬出了新的最高神祇--元始天尊。太上老君淪為三清之一，並且在三清之中敬陪末座。後來上清派高道輩出，陶弘景、王遠知、司馬承禎等都是一時人傑。陶弘景為眾神排列位次，將神仙地祇分成七個等級，元始天尊為最高一級的主神。道教神仙的格局初步確立。
上清派不斷髮展壯大，成為南朝到北宋最大的道教派別，因此元始天尊在道教之中的影響力變得牢不可破。即使到唐朝時李唐王室自認為是太上老君的後裔，也無法動搖元始天尊三清之首的地位。
上清派的修行方式與五斗米道也大不相同。上清派的主要經典為《上清大洞真經》，主要強調“存思”的修煉方法。注重人身內的精、氣、神的修煉。透過煉神，以達到煉形的效果。和五斗米道不同，上清派不重視符籙、煉丹，特別排斥道教房中術。這在五斗米道流行的時代是一個異類。上清派認為人身的百脈關竅都有各種各樣的神分別鎮守。所以存思存神才是修煉的正道。
從這些修煉法門可以看出，上清派為道教派別中注重個人修行的派別。其理論源頭更多地來自於莊子。與佛教派別相類比的話，上清派類似於佛教的小乘派別，一心一意地想做“自了漢”。這與道教靈寶等各派強調濟世度人，五斗米道動不動發動起義以致天下“太平”都不相同。
上清派發展了道教的修煉理論，主張形神雙修，養神與煉形並舉。上清派的這些修煉觀念，在封建社會的上層貴族中產生了巨大的影響。很多的貴族士大夫紛紛加入上清派，像上清派的第三代、第四代宗師許穆、許翽父子，就出身於當時江南計程車家大族。上清派的影響也因此迅速擴大。到了第九代宗師陶弘景的時候，上清派的傳道重點轉移到茅山。後人遂以茅山宗之名替代上清派。茅山道士也成了得道道士的代名詞！上清派對道教發展的貢獻可謂大矣！
