江戶開港抽掉了導致幕府體制崩潰的那一塊關鍵磚頭，外部勢力的介入加速了日本國內政治經濟關係的調整，幕朝藩三方的力量對比也在逐漸發生微妙的變化。開港以後，幕府為了自救，在短時期內實施了三次改革。但是，這樣的改革沒有從根本上滿足日本經濟政治發展的新需求。所謂經濟發展，就是推動日本社會的生產活動從質和量上實現新進步，也就是從農業時代進入工業時代。所謂政治發展，就是為了適應經濟上的新進步而對國家公共權力關係進行重塑，最終實現對新的經濟資源進行合理分配。
幕府的三次改革沒有完成這個任務，也不可能完成這個任務。因為幕府體制是建立在以土地作為主要生產資料這個基礎之上的，它以土地為核心，構建了一套透過領地控制實現政治控制的封君封臣體系。而幕府在開港以後面臨的形勢是以英法美荷為代表的新興資本主義國家，他們派出的艦隊代表的是以資本為核心的工業文明。幕府體制這個舊的軀殼是孵化不出資本主義工業文明這個新生兒的。
從當時日本社會的結構來看，地方藩閥是處於一個承上啟下、聯絡左右的一個關鍵位置上。對上，他們是構成幕府體制的權力基礎，地方藩閥給幕府將軍輸送錢糧和兵員，是幕府經濟政治力量的源泉。對下，他們都擁有大小多少不一的土地和人民，是直接統治日本社會基層民眾的統治者。他們之間也有些千絲萬縷的聯絡，在不同的形勢下，他們分化重組，形成不同的政治同盟，左右日本社會的發展。可以說，地方藩閥是當時日本社會的基本經濟政治單元，他們既自成一體，又相互影響，得到他們的支援是日本最高統治者立足的根本。
日本藩國分佈圖
面對西方列強的侵略要求，幕府將軍在改革自救，地方藩主們也在透過各種方式尋求一條新的發展道路。他們有的向幕府將軍輸出政治理念，推動幕府的改革自救；有的又對幕府的改革不滿，派出武士刺殺幕府大老，影響政局；有的暗中與外國聯絡，希望獲得外國的武器和思想；有的培養出了一批以後推動日本近代化的名垂青史的人才。離開對地方藩閥的瞭解，就無法理解日本近代化程序，乃至無法理解日本近代以來社會發展的脈絡。
企圖自救的改革最終失敗。在“全國大攘夷”的行動中，長州藩率先襲擊法美船隊，激勵了抗擊西方列強侵略的活動。但是，在西方工業文明的絕對優勢面前，他們的勝利是暫時的。1863年7月，法美艦隊開始反擊，其海軍陸戰隊摧毀了長州藩炮臺。在法美強大的攻勢面前，先前還洋洋得意的天皇小朝廷立即變臉，聯合幕府把尊攘派趕出京都。幕府趁勢製造了“池田屋”突襲、“禁門之變”等打擊長州藩的事件。在孤立無援的處境下，長州藩推行了木戶孝允等制定的“大割據”政策，這標誌著武力倒幕派的形成。
隨之而來的就是幕府和西方列強對長州藩的聯合絞殺。在外部勢力的支援下，藩內保守派得勢。但是，倒幕派很快捲土重來，在中下級武士和民眾的支援下，重新掌握權力，繼續推行“大割據”政策。此前參與幕府征討長州藩行動的薩摩藩，因被幕府邊緣化而倒向了長州藩。1866年1月，薩長倒幕同盟形成，形勢得到扭轉。同年6月，幕府再次糾集20多個藩從大島口、藝州口、石州口和九州口四個方向圍攻長州。經過“大割據”政策的休養生息，長州藩軍事實力強勁，鬥志昂揚。同年7月，將軍德川家茂病故，幕府撤回軍隊，第二次徵長戰役以幕府失敗告終。
木戶孝允畫像
1866年12月，孝明天皇去世，皇太子睦仁成為明治天皇。此時，建立以天皇為中心的國家體制成為了朝野共識。共識之下，仍存在武力倒幕和公武合體的分歧。實質來說，武力倒幕就是徹底推翻幕府體制的革命派，公武合體就是想要在天皇與幕府之間調和的改良派。武力倒幕派以長州藩和薩摩藩為中心，公武合體派以土佐藩為中心，他們雖然政見不同，但以天皇為中心的目標是一致的。土佐藩與薩摩藩簽訂了以“大政奉還”為目標的《薩土盟約》，薩摩藩與長州藩、安藝藩簽訂了武力倒幕的《薩長藝盟約》。
明治天皇
1867年10月，末代將軍德川慶喜遞交《大政奉還上奏文》。倒幕派以天皇名義起草了《討幕密詔》，薩長藝三藩軍隊在京阪神周邊集結。10月24日，朝廷接受德川慶喜辭去徵夷大將軍職務。12月9日，明治政府頒佈《王政復古大號令》，要求德川慶喜“辭官納地”。1868年1月1日，不甘下野的德川慶喜決定最後一博，公佈《討薩表》，聲言清君側。
大政奉還主題繪畫
1月3日開始，幕府軍分別在鳥羽和伏見與倒幕聯軍交戰。擁有官軍名義的倒幕聯軍在當地居民的支援下，輕鬆擊敗幕府軍。德川慶喜臨陣脫逃，倒幕聯軍掌握了戰爭的主動權。在平定西南後，倒幕聯軍揮師東進，提出了“租稅減半”的口號。這得到了當時最廣大群眾的支援，聯軍進展順利，於3月初包圍江戶。在赦免慶喜死罪和幕府繳械投降的條件下，東征軍進駐江戶，德川幕府滅亡。隨後，聯軍繼續追擊幕府殘餘勢力。1869年5月，聯軍進入北海道，搗毀五稜郭炮臺後，幕府前海軍總裁榎本武楊投降。主要發生在農曆戊辰年的戊辰戰爭以倒幕聯軍的勝利宣告結束。
鳥羽、伏見之戰示意圖
所謂破舊立新，倒幕藩主和他們的武士們推翻了存在了將近800年的幕府體制。他們將在天皇的旗幟下重新構建日本的權力秩序，而這種重構不僅是簡單的政權更迭，它將帶領日本進入一個以工業化為標誌的新時代。在這個新時代裡，日本將迅速發展成一個新興的帶有濃厚封建色彩的工業化國家。這個新國家給亞洲乃至世界文明發展帶來的災難將遠遠大於貢獻。因此，也可以說，成也明治，敗也明治！
