大明萬曆二十年的一個深夜，一名提著蒙古馬刀的刺客入宮行刺皇帝，被錦衣衛誅殺;與此同時，市井之中有十幾個百姓也被人暗殺於家中。
更讓明神宗驚詫萬分的是，在同一個晚上，他所倚重的一品大員宋閣老也被殘殺在家中。一時間，朝野上下沸沸揚揚，驚恐不安。
對於宋閣老被殺一案，他的義子史秦還有眾多門徒故舊，都把矛頭指向了武將劉剛他們。因為幾天以來，他們一直在為要不要出兵朝鮮而爭得面紅耳赤。
前幾天，朝廷得到情報，日本倭寇正在備戰，似乎有進兵朝鮮的跡象，以劉剛為首的主戰派請求萬曆皇帝儘快發兵援朝。在他們看來，倘若倭寇得手，他們便可乘虛而入，直取遼東，那麼大明朝的北大門就會被開啟。
案子很棘手，明神宗想到了一個人。此人名叫魏源，乃是神宗三年的進士，曾在京城做了一任小官，頗有審案斷獄的才華，但卻性格剛烈，桀驁不馴，把朝中文武大臣幾乎得罪了個遍，後被朝廷以莫須有的罪名罷了官。
案發現場都被保護得很好，沒有被破壞，魏源卻依然沒有發現兇手的蛛絲馬跡，可是，他卻從劉剛的身上發現了一些疑點。宋閣老被殺的當天晚上，劉剛並不在家中。他的解釋是有友人要離京去泉州，他出城相送，所以不在家中。然而，守城的官兵卻無論如何也回憶不起那天晚上曾經見過劉剛出城。
朝野上下恐怖的氣氛越來越濃密。很多平民已經有了逃離京城的打算，儘管皇帝已經派出錦衣衛高手保護，可他們還是不放心，於是自己出銀子招兵買馬，護衛家院。然而，魏源卻在他們的這一舉動中，發現了一些不一樣的東西。
此時，儘管每個主戰派都有嫌疑，可他們依然逢朝必諫，讓明神宗儘快下旨出兵援朝。而近來皇帝的心思卻似乎偏向了主和派，淡然道：“量朝鮮彈丸之地，生死之間與我大明朝能有多大瓜葛？此事以後再議吧。”說罷，打了一個哈欠，由太監扶著下朝了。劉剛重重地嘆了一口氣，瞟了一眼站在旁邊得意洋洋的史秦等人默默離開了大殿，而魏源卻一直注目於他。
深夜，魏源的書房還亮著燭火，原本平穩的燭火抖動起來。等到魏源疑惑地看向緊閉的門窗的時候，卻大吃一驚。只見劉剛一身夜行俠者打扮，手上提著一把鋼刀，正站在門前怒視著魏源。“劉，劉大人怎麼如此打扮？深夜到此，有何見教啊？”魏源不安地問。
劉剛並不答話，徑直走過來，將手中的刀一下子放到了魏源的手上，魏源一陣疑惑。“我知道魏大人一直都在懷疑是我殺了宋閣老他們，不相信我，便可一刀結果了我的性命。”不想，聽了此話，魏源卻哈哈一笑道：“史秦的話說得很對，你最有嫌疑，可你也最沒有嫌疑。我隱約覺得我們的周圍還有一股神秘的力量，就是這股力量先殺宋閣老他們，然後再讓朝廷懷疑你們，然後引起內訌，從而達到他們不可告人的目的。”說著，魏源將劉剛的刀放回了他腰上的刀鞘之中。
“多謝魏大人的信任。”劉剛施了一禮。“可是我尚有一個疑點不知道你肯不肯相告？”“什麼疑點？”“我們的皇帝向來多疑，滿朝忠臣又何止你一人，為什麼他會擔保你？宋閣老被殺的當天晚上你到底在哪？還有，那天晚上入皇宮行刺皇上的到底是什麼人，這等大事，皇上為什麼不發一語？”
面對魏源的一連三問，劉剛嘆口氣道：“時候未到，恕不能相告。”
第二天一大早，明神宗上朝，劉剛又勸諫出兵朝鮮，再次遭到了皇帝的拒絕。劉剛憂心忡忡，而魏源卻一臉的淡定。
回到府衙，魏源在自己的書房裡走來走去，顯得有些焦慮。很快，窗外有了黑夜的身影。他嘆了一口氣，向書房外喊了一聲：“進來吧。”一個捕快走了進來：“大人請吩咐。”“今天晚上，我讓你去給我盯一個人，走一步跟一步，去過哪個茅廁也要回來告訴我。”“盯誰？”魏源不答，而是在紙上揮毫寫下了那個人的名字，捕快吃驚地看著魏源。
將近三更天的時候，捕快回來了。魏源將一支筆遞到他的手中：“寫下他去過的地方。”捕快點了點頭，在紙上寫下了“九間酒樓”四個字。捕快一走，魏源又把管家喚了進來：“準備一下，我要連夜進宮面見皇上。”“這都三更天了。”“如果我不去，那麼大明朝的社稷也就要快到三更天了。”管家一怔。
對於魏源的深夜闖宮，神宗皇帝很惱火，可是當他看完魏源早就寫好的一封絕密諫書的時候，臉色變了：“你確信無疑了嗎？”“如果臣這次錯了，請皇上誅臣九族。”跪在地上的魏源不容置疑地回答。“你想讓朕怎麼辦？”“皇上，臣斗膽問一句，那天晚上入宮行刺皇上的是不是元朝王室的後裔？”
“你，你怎麼知道？”神宗的臉色再次一變。“因為我聽皇宮裡的人說行刺的人用的是一把蒙古馬刀，再加上前幾年你曾經派劉剛剿滅了一股元朝王室的造反勢力，所以，我大膽斷定刺客應該就是元朝王室的後裔，他們一直在尋找機會光復前朝。”聽了魏源的話，神宗嘆了一口氣：“沒錯，刺客就是鐵木真的後代。他的目的也的確如你所說。只可惜他們勢單力薄，妄想顛覆我大明簡直就是做夢。
第二天，不到一天工夫，元王族後裔入宮行刺皇帝，試圖顛覆大明，負傷在逃的訊息就傳遍了朝野。朝野上下再次掀起了震動的波瀾。此時，魏源關於宋文等大臣被殺一案的調查有了新的發現。他說，宋文他們被利刃刺破心臟之前都服過毒藥。毒藥尚未發作之時，他們便慘遭毒手。這意味著要殺他們的有兩撥人，史秦等人吃驚不小，趕忙讓管家加派人手，護衛家院。
夜深了，史秦仍沒有睡意，守在一旁的管家卻直打瞌睡。忽然，外面傳來輕微的敲門聲。管家一怔，趕忙開門，而門開的一剎那，一股白霧吹在他的臉上，管家轟然倒在地上。
史秦大吃一驚，尚未反應過來，蒙面人就已經躍在了他的跟前。“你，你是什麼人？”史秦不安地問。蒙面人慢慢扯下了臉上的黑罩，露出一張粗獷的臉。他沒有回答史秦的話，而是走到書桌旁，端起史秦剛剛用過的茶杯，淡然一笑道：“你剛剛喝的茶裡我下過毒，你已經喝了四杯了。”蒙面人的話讓史秦萬分驚慌，再次問：“你到底是誰，為什麼要這樣做，我和我義父跟你到底有什麼仇？”
“你們跟我沒仇，可是你們的皇帝跟我有仇。我乃是大元朝王族後裔都塔。你們的劉剛等大人都已經成了我的手下，你只要歸順我，以後就有享不盡的榮華富貴。要不然你就只有死路一條。”說著，嘩地一聲抽出長長的蒙古馬刀一下子砍掉了桌子的一角，史秦大吃一驚，一下子癱坐在椅子上，此刻，他似乎已經感覺到毒藥正在他的血液裡流動了。
史秦一直坐到了天亮，似乎下定了決心，讓清醒過來的管家火速備轎，他要去面見皇上。
進宮後，史秦將昨夜發生的一切全都告訴了神宗。史秦的話印證了魏源之前的判斷。神宗皇帝勃然大怒，半個時辰後，劉剛等人全被魏源押進了大牢。面對劉剛的斥罵，魏源笑而不答。
數日後，豐臣秀吉帶領一隊倭寇浪人，乘著船大搖大擺地向朝鮮進發而去。
又數日後，並沒有毒發身亡的史秦坐在書房裡思考著這一切。就在這時，管家驚慌失措地跑了進來大聲喊：“見鬼了，見鬼了。”“何事驚慌？”“劉，劉剛劉大人和魏源魏大人來了。”“一派胡言，劉剛已經死了。”史秦呵斥了一句。話音未落，魏源和劉剛真地出現在了他的面前。史秦張大了嘴巴，一臉驚恐：“劉大人，你，你還活著？”劉剛淡然一笑：“不但還活著，這幾日還帶領我們大明朝的軍隊出兵朝鮮，痛擊日本倭寇，斬首幾百人。”史秦無比吃驚地看著劉剛。魏源淡然一笑說：“史大人聽到自己的同類死了這麼多，心裡頭一定非常傷感吧？”“魏大人，你，你這話什麼意思？”“好了，秋泉一郎，不要再跟我們演戲了。你的身份，九間酒樓的老闆早在幾天前就已經全部招認了。據他交代，倭寇早就有入侵大明的想法，所以，他們早在去年就選派了數個精通我中原語言和文化的人潛入京城，刺探情報，擾亂政治中樞的安寧。你為了得到更有價值的情報，便投其所好，送給了宋閣老大量的金銀珠寶，宋閣老很高興，從此你變成了他的義子，而他也對你大加提拔，於是你一個庶民百姓，平步青雲地成為了朝廷的二品大員，沒錯吧？”
聽了魏源的話，史秦的臉色已經變得慘白：“你，你是怎麼知曉這一切的？”“那就讓我從你們陰謀進兵朝鮮的事說起吧。”接著魏源便說起了整個事情的來龍去脈。
倭寇欲發兵朝鮮，本是醉翁之意，他們的真正目的就是要以朝鮮為跳板，進攻大明的遼東，然後一舉拿下京城。然而他們深深知道大明朝和朝鮮的關係。如果他們在進攻朝鮮的時候，大明派兵來救，他們就會陷入極大的危險之中。所以他們要確定大明朝短時間內絕對不會援助朝鮮。
同時，他們還讓另一個潛伏者九間酒樓的老闆西澤正南派人殘殺百姓，製造混亂。在他們看來，朝野之中的水越渾濁，就對他們越有利。
“你說的都只是經過，我問你是怎麼懷疑我的？”史秦惱羞成怒地問。魏源淡然一笑說：“第一次懷疑是宋文等人死後，我發現其他的主和派都堅守庭院，緊張不堪，而你卻似乎悠閒自若。只有真正的鬼才不怕人們所說的鬼。當然，這也或許你是一介遇事不慌的大臣。”
“後來我又在宋文的家中發現了一個重要的線索。宋文養著一隻名貴的波斯貓，此貓性情兇猛，論起看家護院的本事絲毫不遜於家犬。你每次去找宋文，都會帶上它最愛吃的鱖魚，後來我在宋文管家那裡得到一個證實。平時，宋文都只會給它買便宜的鯉魚，從不買鱖魚。案發的時候那隻貓也死了，身邊扔著一條鱖魚，那隻貓吃了沒幾口就死了。這一點從貓嘴裡殘留的魚肉和基本完整的鱖魚可以證明。仵作也檢驗過，那條鱖魚肉中有劇毒。這說明案發的時候你去過宋文府中。
也就從那時候起，我加大了對你的懷疑，就盯上了你，發現你跟九間酒樓的老闆來往非常密切。還有，我從你的家丁扔出來的垃圾裡發現了一些人的名單，被燒過，可惜沒有完全變成灰。後來我在劉剛那裡證實，上面的人正是劉剛他們安插在倭寇內部的臥底之士。”
之前，劉剛在朝堂之上向皇帝透露出了這些人，可是沒過幾天他就得到訊息，這些人全部被殺。所以，那天晚上劉剛跑到我的家中對我說他懷疑文武之中有倭寇的眼線。所以我合情合理地再次懷疑到了你。於是我與劉大人定下計策，假意透露出倭寇之中有我朝的眼線，你慌了，馬上與西澤正南聯絡，而我卻派人盯上了西澤正南，抓獲了他派出的送情報的人，經過審問，他是一名日本人，也交代了你的身份和目的。我不露聲色，決定跟你演場戲，我先是散播元朝王族後裔的資訊，讓你相信有這麼一股勢力存在，然後派人假冒元朝王族後裔與你聯絡，並讓此人誣陷劉大人他們與他合謀造反。你覺得除掉劉大人他們的機會來了，所以將這一切告訴了皇上，我也假意抓捕了劉大人，然後找了一個死刑犯替劉大人掉了腦袋。這樣你們就能放心地去進兵朝鮮。”
“而在此之前，皇帝已經下令讓劉大人火速前往遼東率兵入朝鮮，出其不意地擊潰了豐臣秀吉。這就是整個事情的經過。”“明白了，這就是一個完美的圈套，你讓我相信你們殺劉剛都是真的，讓我送出了一份假情報。”史秦沮喪地說。“可惜你明白得太晚了。”劉剛冷冷一笑。
神宗皇帝下令將史秦五馬分屍，魏源卻出面求情。在他看來，在不知道真中毒還是假中毒的情況下，史秦為了他的倭寇國，不顧自己生死，還是將劉剛舉報，也算是一件義舉，懇請皇帝賜毒讓他自盡。
魏源破案有功，擊潰豐臣秀吉有功，皇帝大行封賞，魏源卻再次辭官。幾年後，倭寇大舉入侵大明朝的東南沿海，魏源追隨戚繼光出兵抗倭，後來戰死沙場。
