明清兩朝，在中國歷史上互相接續，政治體制上也較為相似，因此常被人們和史家拿到一起相提並論。而在兩朝對所謂“中國本部”即漢地的治理之外，兩朝對東北、西北、西南等邊疆地區的治理則很有特點 。
明清兩朝對西南邊疆地區的治理政策大體上較為一致，也是古代中國向近代乃至於現代民族國家轉變過程中，比較成功的邊疆地區治理範例。
在元朝攻滅大理後，明廷統治者很自然的視雲貴地區為帝國的一部分，並在西南地區投入了大量軍事、政治資源。
明朝對雲貴地區的征服和管理是一體的，在整理元滅宋的歷史經驗時，以朱元璋為代表的明朝統治者認識到了雲南地區的地緣重要性，而在明軍進攻雲南的過程中，他們發現要想牢固的控制雲南，必須對貴州建立較為穩定的統治來作為前進基地。
1371年，明軍進入貴州，在隨後的十年內，明軍在貴州全境建立了幾十個衛所，同時接受了大量當地土司的歸附，並授予他們官職。而隨著軍事優勢的建立，明朝也開始追求在政治上對貴州地區建立實際上的管理。
洪武后期的“二田之亂”則為明廷提供了這種契機，兩個田姓土司互相攻擊，最終明廷則把這兩位土司全部處斬，取消了他們的封地，直接設定布政使司，進行流官治理。而在雲南，明朝則透過冊封沐家，實現了中央、沐家、土司三分雲南的政治格局。
而不論是在雲南還是貴州，朝廷對於土司的態度都是一貫的，除了少數對朝廷時代恭順、忠誠的土司外，都是即儘可能的推進“歸土改流”，擴充中央的直轄面積。
這一策略也被清朝繼承了下來，清朝的“改土歸流” 策略，在雍正時期，在鄂爾泰的指揮下達到高潮，清廷先後在雲貴地區撤銷了上百位實權土司，代之以朝廷派遣的流官，這一舉措使得步入近代以來，雲貴地區最終被消化為中國本部，甚至抗戰時期共同構成了西南大後方。
對於西北邊疆，明廷的興趣較小。雖然出於鞏固長城防線的需求曾在嘉峪關外設定過“蒙古七衛”，但維持的時間很短。在哈密衛失陷之後，明廷就基本放棄了對嘉峪關以西地區的控制和爭奪。而清朝則不同，面對強大的準噶爾部落，清朝不得不在西北、蒙古、西藏等多個方面和這個強大的遊牧帝國展開全方位的對決。
與明朝不同的是，清朝在取得清準戰爭勝利的同時，全方位的加強了對上述邊疆地區的控制。清廷在新疆，除了實施實際控制的軍府制外，更是以重兵屯墾，還發動除了財政困難者以外的全部內地省份和沿海各省海關，對新疆進行“協餉”的財政支援。
在西藏，清廷透過駐藏大臣的設定和“金瓶掣籤”制度的實施，在事實上確定了朝廷對達賴喇嘛和班禪額爾德尼兩位宗教領袖的任免權之外，還在西藏的世俗政治上獲得了和宗教領袖平分秋色的地位。
這和僅僅依靠維持時間不久的“烏斯藏都司”對高原進行象徵性統治或羈靡統治的明朝有著本質性的區別。總得來說，對於西部邊疆的治理，清朝比明朝做的要好得多，也正是得益於清廷對今新疆、西藏地區的治理，今日的中國才擁有這樣遼闊的版圖，成為世界性的大國。
明朝對東北邊疆的治理，直到萬曆朝之前，都堪稱是成功的。成祖時期，亦失哈率船隊巡航松花江——黑龍江則是明廷在東北統治的高光時刻，這一時期的奴兒干都司管轄範圍直至黑龍江下游，雖然宣德後疆界回縮，但明廷對東北地區的控制和治理始終水平較高，如成化年間還可以對不臣的部落發起“犁庭掃穴”的軍事行動，證明了明廷在東北地區的存在感。
轉正點出現在李成梁組織的從遼東邊牆外撤退的行動，保守、官僚化的舉動不僅造成了邊牆外的力量真空，給努爾哈赤的崛起創造了條件，還使得遼東漢人信心大為降低，可以說李成梁回縮遼東邊牆，是明廷東北局面潰敗之始，也正由此，敲響了明朝滅亡的喪鐘。
清朝對東北的治理則更為失敗，由於清朝統治者長期把東北視作自己的“祖宗之地”，禁止漢族人民開發，導致東北長期地廣人稀，控制不足，終於在二次鴉片戰爭後被沙皇俄國趁火打劫，割走大片領土。
此後清廷雖然開放了“闖關東”，但東北事實上已經成為俄、日等列強爭奪的戰場，他們一方面侵略東北，一方面以東北為基地策劃入侵更大的中國，在近代史上給中國造成了嚴重的傷害。可以說，清廷對東北地區的治理，是較為失敗的。
從總體上來說，明清兩朝對西南、西北、東北三個方向邊疆地區的治理，有得有失，其中最為連續和成功的是兩朝對西南地區的治理，而相比於明廷，清廷對西藏、西北地區的治理也較為成功，而兩朝對東北地區治理的失敗，都在歷史上造成了災難性的後果。
