咸豐十一年（1861年），曾國藩、曾國荃兄弟在取得安慶之戰的大勝後，一直就把太平天國的王都天京（南京，金陵）作為下一個進攻目標。
彼時，為了增強力量，曾國藩讓曾國荃回鄉招兵買馬，使湘軍吉字營實力得到進一步擴充。
同治元年（1862年）三月，萬事俱備，曾國荃和幼弟曾貞幹（本名曾國葆，後改貞幹）率軍從長江南北岸分別東下，接連攻取了十幾座太平軍江防重鎮和要隘。
西梁山地勢險峻，自古有天險之稱，太平軍在此構築堡壘，設有重兵防守，想不到曾國荃部未用多少兵力就輕易攻克了它。幾乎與此同時，左宗棠率楚軍接連在浙江江山、常山等地打了勝仗，聲勢大振。
同治元年五月初一，曾國荃親率湘軍最精銳的吉字營向秣陵關發起攻擊。秣陵關是南京門戶重鎮，但這時太平軍對它的防守似乎並不嚴密，湘軍到達後立刻發起攻擊，太平軍守將稍事抵抗便獻關投降了。湘軍幾乎不費力便得到秣陵關，曾國荃感到有些意外 。他稍作休整，隨後率部繞過三汊河直撲大勝關而去。
曾國荃
初二日，曾國荃派一彪軍馬先埋伏在橋邊，然後自率6營大軍極速前進。太平軍見清軍從背後包抄過來，害怕被圍困，於是乘夜縱火，棄關而走，吉字營在後緊追不捨，大破之，一舉奪取了大勝關、三汊河。
這時，彭玉麟率水師駐守金柱關，得知曾國荃吉字營孤軍深入腹心的訊息，擔心他敵遭算計，於是派水師前去策應，戰船由烈山駛近頭關。水陸會合後，一舉攻下頭關。彭玉麟乘勢進攻江心洲，太平軍在洲上構築了堅固的堡壘。湘軍水師用火炮猛轟。太平軍守軍力戰不支，又突不出去，最後被逼集體舉火自焚而死。
湘軍乘勝追擊，很快又攻奪了蒲包洲，水師戰船已停泊在天京（今南京）城外的護城河口。曾國荃率吉字營三萬多將士進駐雨花臺，該地距離南京城僅有4裡之遙。曾貞幹（原名曾國葆）部駐紮在三汊河一帶，並在江邊修築堡壘以保護西路糧道。就這樣，晚清著名的南京攻防戰正式拉開帷幕。
初四日，湘軍悍將鮑超率霆軍猛攻太平軍在寒橋、管家橋等處構築的軍堡，並一舉攻克之。12日，兩萬太平軍向雨花臺吉字大營發起進攻，不料曾國荃已在四處設下伏兵，攻破了太平軍。15日，鮑超霆軍在抱龍關大破太平軍，隨即往攻寧國府。
16日，屯駐在金陵的太平軍主力向湘軍發起了大規模的進攻，共分為20多支，並集結重兵猛攻雨花臺，對湘軍在南京外圍修葺的各處營壘構成了極大的威脅。
曾國荃親自在雨花臺外側長壕處督軍奮力抵禦，雙方均有不小傷亡。 吉字營驍將劉連捷勇猛善戰，率所部浴血拼殺，橫衝直撞，直進不退，太平軍見對方兇頑不要命的打法，紛紛潰退，曾國荃下令冒雨修復寨牆。而太平軍在寧國府雄黃鎮駐有兩萬人馬，24日晚會合主力圖謀夜襲雨花臺，被擊退。25日晨，太平軍再攻湘軍，被吉字營悍將劉連捷、易良虎率軍擊退。
就在雙方打得如火如荼時，因天氣漸熱，太多死屍來不及收斂、掩埋，戰場上鬧起了瘟疫。這時，駐紮於城外的湘軍吉字營將士因染疫已經死去了很多人，即便沒死的也無法打仗，戰鬥力幾乎失去了一半之多，而太平天國忠王李秀成奉天王命率領駐守在蘇州、常州的太平軍精銳20多萬人前來救援岌岌可危的天京。·19日，李秀成大軍開始圍攻曾國荃吉字大營。太平軍攜來很多門西洋落地開花大炮，架炮猛轟，巨響驚天動地，曾國荃以兇悍霸蠻出名，他在各處布兵防禦，死戰不退，吉字營官兵沒有染上瘟疫者全部挺槍作戰，與太平軍血戰了15個日日夜夜。
九月初三，太平天國侍王李世賢（李秀成族弟）率10萬大軍從浙江趕來，隨即發起了更加猛烈的進攻。太平軍人多勢眾，火力兇猛，湘軍傷亡甚重，而太平軍死傷更多。初五，湘軍衝出戰壕主動攻擊太平軍，竟然出乎意料地攻破了太平軍13座營壘，擊殺數千人。12日，太平軍先挖掘地道，再埋炸藥在地道的兩個穴中，同時點燃引信，幾乎同時爆炸，土石翻飛，太平軍精兵乘機翻牆而入，與湘軍對峙。太平軍白天並無進攻，入夜即發起了輪番攻擊，並連續在湘軍挖掘的壕溝外側紮了一百餘座營寨，與湘軍大營相距僅20丈，並在暗處偷挖地道，想乘雨夜發起突襲。曾國荃偵察到太平軍土營在四處挖掘地道，下令各軍開挖內壕（溝）、搶築內牆進行阻擋、防禦，並分兵轟塌了太平軍挖掘的7處地洞。
10月初5日，曾國荃令湘軍出壕，反擊太平軍，竟又攻破了太平軍的10座營壘。太平軍沒料到湘軍困獸猶鬥，而且兇悍不怕死，個個都是殺紅眼的亡命徒，太平軍頓時死傷慘重，李秀成、李世賢無計可施，只得暫時撤圍而去。金陵雨花臺大營才得以解圍。
由此可見，太平天國後期，太平軍的人員素質、戰鬥意志下降很快。湘軍則正相反。曾國荃好不容易圍住南京，眼見大功告成，封侯賜爵、升官發財唾手可得，又怎肯輕易退去？
同治二年（1863）四月初二，鮑超、劉連捷率部向六安州發起攻擊，苗沛霖率團練包圍壽州，曾國藩派遣蔣凝學、毛有銘率軍前去增援，太平軍敗退。
四月初七，曾國荃、彭玉麟相互配合，聯手攻克了太平軍設在東關的營壘，隨後一鼓作氣，攻佔了銅城閘。
鏖戰到這時，曾國荃部圍攻南京已經過去了很長時間，太平軍想盡辦法解圍，並聯合縱橫華北的捻軍共同作戰，一舉擊退湘軍，奪取了雨花臺。史載，戰爭進行到最激烈時，同治帝頒佈諭旨道：
“此時曾國荃雨花臺之軍自不能輒自移動，墮賊詭計；湖北為數省樞紐，誠不可稍有疏失，嚴樹森出駐團風，當不至任賊竄入。......此時賊既紛竄北岸及長江上游，浙、滬兩軍如能一克富陽以取杭州，一克崑山以取蘇郡（州），則金陵之賊腹背受敵，或可即收搗穴擒渠（渠魁）之效。該大臣（指曾國荃）等必能因時審勢，以赴事機也”。 ......
同治二年四月底，曾國荃乘守城太平軍因數月沒有戰事而有所懈怠時，令湘軍夜襲雨花臺，經激烈而短促的戰鬥，最後一舉攻下。曾國藩在奏摺中說，是役共擊斃6000餘太平軍士卒。雨花臺緊挨城牆，地勢較高，頂上築有堅固的防禦工事，昔日清軍江南大營進攻了許多年都沒拿下。而曾國荃竟然在一夜間就復奪了雨花臺。李秀成得知後，十分震驚，便率大軍撤離天長、六合、儀徵，再次回援天京。湘軍悍將楊載福（楊嶽斌）、鮑超率水陸師乘勢追擊，佔領了兩浦，並截擊正在渡江的太平軍。曾國荃、楊載福原計劃先把九洑洲對面的下關碼頭、草鞋峽、燕子磯等地攻下。5月15日，湘軍猛攻九洑洲，太平軍進行了英勇抵抗，打得很頑強，挫敗了湘軍一波接一波的進攻。激戰了一整天，仍難分勝負。天黑後，狂風大作，暴雨傾盆，湘軍趁機發起強攻，在付出了巨大傷亡代價後，終於攻佔了九洑洲。
接連攻取雨花臺、九洑洲後，曾國荃便聚攏兵力，準備進攻南京聚寶門、印子山等要隘，曾國藩也把鮑超、蕭慶衍兩隊生力軍調到長江南岸，以便對天京（南京）形成合圍之勢。但由於鮑超的霆軍中正流行疫病，減員嚴重，戰力削弱，使江南的軍情產生危機 ，曾國藩攻圍天京的計劃破產。但太平軍的情況也好不到哪去，李秀成部在迂迴中遭遇清軍伏擊，損失了十餘萬人馬，並且缺少糧餉，作戰物資得不到補充，已經無力對湘軍發動反攻。從6月到9月，曾國荃先後猛攻天京附近的印子山、江東橋、上方橋、高橋門、七瓦橋等要隘，最終全部攻克並佔領了這些要地。10月，吉字營一部進駐孝陵衛。天京與外界的聯絡只剩神策、太平兩門。11月初5，湘軍也用挖地道填炸藥之法炸塌了一道長達十餘丈的城牆。
此時，天京已是岌岌可危。李秀成匆忙從蘇州、無錫疾馳過來，但已於事無補，潛入城後，他在分析了整個形勢後，力勸洪秀全“讓城別走”，意思是暫時放棄天京，轉移到江西會合侍王李世賢部，日後再捲土重來。但洪秀全捨不得放棄天京，還詭稱自己有天兵天將相助，使危急形勢無以得到緩解。 同治3年正月，左宗棠率楚軍在浙江、李鴻章率淮軍在江蘇接連取勝，收復了杭州、蘇州等重要城市，使太平軍在天京外圍苦心設定的屏障盡失。吉字營又把太平軍在鐘山頂構築的天堡城攻下，守軍全部被殺，然後在太平、神策二門外築起了一道堅固的石壘，分兵嚴密把守，從而形成了對天京的合圍之勢。
3月初，曾國荃加緊部署並加強了對天京城的進攻。吉字營在各城門外修築起一道道堅固的石壘，並在四周開挖地道，但地道的作用不大，大都被太平軍察覺並破壞掉了。這時，由於天京久攻不下，清廷派李鴻章率精銳淮軍前來合攻。李鴻章不願抑或不敢搶曾國荃破南京頭功，率部在外圍徘徊不進，觀望局勢。曾國荃聽說淮軍前來，害怕被人搶功，於是督率吉字營官兵日夜猛攻，對天京城發起全力攻擊，彼時城中糧食早已食盡，就連草根、樹皮、鼠雀都被吃絕，守城的太平軍個個面無人色，早就無力反擊了，湘軍經兩年多浴血苦戰，憑藉死戰不退的頑梗和急於發財的慾望，終於攻下了號稱固若金湯的南京城 ......
一場驚天浩劫即將蒞臨南京這座富庶繁華的六朝古都。
李鴻章
李
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