硒的唯一特異功能是作為機體谷胱甘肽過氧化物酶的一個組成部分。硒是谷胱甘肽過氧化物酶的活性中心元素。谷胱甘肽過氧化物酶的生理功能是協助清除自由基，可以催化機體內有毒的過氧化物還原為無害的羥基化合物，從而防止和保護生物細胞膜免受脂質過氧化物以及各種自由基的損傷。所有，硒在人和動物體內主要發揮抗氧化作用。
眾所周知，機體中時刻存在著各種自由基，除了從外界環境直接進入體內的自由基外，更多的自由基是機體在進行新陳代謝的過程中自身由於必需進行的氧化反應與過氧化反正所產生的。過多的自由基可以透過多種方式引起機體組織細胞生物膜結構和功能受損，從而引起機體廣泛的組織損傷，導致各種疾病的發生。
硒的抗氧化效能表現在參與阻斷自由基的反應，主要針對活性氧自由基及其衍生物
硒化合物在機體中的抗氧化作用大致包括五個方面。
(1)清除脂質過氧化自由基的中間產物
(2)分解脂質過氧化物。
(3)修復水化自由基引起的硫化合物的分子損傷。
(4)在水化自由基破壞生命物質之前將其清除或轉變為穩定化合物。
(5)催化巰基化合物作為保護劑的反應。其中,作為自由基清除劑，在水化自由基破壞生命物質之前，將其清除或轉變為無毒的穩定化合物，是硒抗氧化作用的一個重要方面。
在機體的抗氧化體系中，硒的抗氧化作用分為酶類和非酶類兩類，以硒為活性中心的谷胱甘肽過氧化物酶家族屬於酶類抗氧化劑，在機體抗氧化作用中扮演重要的角色。
