明朝建立之初，各項制度基本承襲元朝，在統治基本穩定後，朱元璋主持制定了明朝政治、軍事、經濟和法律來自思想文化等方面的各項制度，以期加強君主專制中央集權，使大明王朝長治久安。
明太祖加強中央集權的措施是從改革官制開始的。洪武九年（1376）明太祖下令改行省為承宣布政使司，其長官為左、右布政使，與之前設立的都指揮使司、提刑按察使司，分掌地方的行政、財政和刑獄，互不統屬，直接對朝廷負責。布政使司下設府、州、縣，基本是以府統縣，比元朝行省下面的路、府、州、縣更為簡明。而中央官制的改革者更為劇烈，最大的變化是宰相制的廢除。
朱元璋認為皇帝怠政，相權過大，是元朝迅速衰亡的重要原因，洪武十三年（1380年）以謀反為由誅殺中書左丞相胡惟庸，裁撤中書省，廢除丞相制，以六部分理天下庶務，又將御史臺改為都察院，並按照六部設六科，與都察院的十三道御史合稱科道官，負責監察工作。後來由於政務繁劇，朱元璋又仿宋制，設殿閣大學士以務顧問諮詢，殿閣學士得以參預機務。
其次，以衛所製為核心的軍事制度也是朱元璋加強集權的重要表現。從京師到地方各地皆置衛所，大致5600人為1衛，長官為指揮使，下轄5個千戶所，每千戶所下轄10個百戶所，百戶所下面又有總旗、小旗等。洪武十三年（1380年）改大都督府為左中右前後五軍都督府以統領各衛所（親軍除外）與兵部共掌兵權，五軍都督府並不直接統兵，戰時由兵部調兵，選任武將，戰後將領交還印信，兵歸衛所。
另外，明太祖十分重視治國人才的培養，牢牢的將選拔官員的權力操在自己手中。他在建國前即在應天設立國子學（後更名為國子監）。建國後又在地方廣設府學、州學、縣學，民間鄉村亦有設學，此外還有宗室子弟開設的室學，為武官子弟開設的武學等等，幾乎做到了“無地不設學，無人不納教” 在新辦學校的同時朱元璋大開科舉，透過一系列規定真正將官辦學校與科舉密切結合起來，且規定八股文是科舉考試唯一的規範文體，並開分地錄取之先河。
然後，重建戶籍和複議制度使朱元璋加強中央集權的另一重要舉措 元末明初戶籍散亂，賦役徵發多有不便，洪武三年（1370）下令清查全國戶口，創設戶貼，洪武十四年（1381年）又建立理解制度作為統一的基層管理組織，並任命里長、甲首進行管理，並負責編造黃冊登記戶籍人口。後來又繪製魚鱗圖冊登記田土。透過對戶口、耕地兩大要素的統計明朝形成了一套比前代更加詳備的戶籍和賦役管理制度在鞏固專制國家的經濟基礎方面發揮了巨大作用。
此外，實行重典治國、強化專制權威下的法律統治，也對明初加強中央集權有重大作用。明太祖為政崇尚剛猛嚴厲，他說：吾治亂世，用刑不得不重。胡惟庸案、藍玉案、空印案和郭桓案是其重點治國的集中體現，這幾起大案誅人甚多，在一定程度上實現了整肅吏治的目標，但另一方面，也許不少人含冤被殺，且刑罰過於苛酷，對社會造成了嚴重影響。迭興大案的同時，洪武時期制定了多種充分體現重點政治特徵的法典、法令，如《大明律》《大誥》等。
當然，除嚴刑峻法之外，明太祖也採取了一些道德教化措施加強對社會尤其是基層民眾的控制，如恢復古代尊老的禮儀，選鄉間德高望重者宣講法律、敕令，使人民知法畏法。
最後，明太祖厲行文化專制政策，對文人言論思想的鉗制，空前強化。特別是在他年事漸高以後，每每吹毛求疵，挑選隻言片語，使得文字之獄大興一時，明太祖不僅以君主自威，更以師長自命，力圖將自己的專制權威滲透到文化教育領域，因為他讀到《孟子》中不尊重君權的思想，幾乎將孟子從孔廟中撤出，後來下令將《孟子》重具有民本色彩的言論全部刪除，定為《孟子節文》。
朱元璋起自寒微，而能於元末群雄中脫穎而出，重建統一。在他統御天下的三十一年間，又投入了大量精力，為子孫後代留下了豐富的成文典制，這些制度都被以後的明朝統治者視為祖制，產生了深遠的影響。明朝中後期的皇帝大多荒於政事，甚至數十年不視朝，卻能維持長達280年的統治，很大程度上就是得益於明朝初年朱元璋的制度建設。
