自從具有大量相關突變的新型冠狀病毒的新變種奧密克戎（也稱為 B.1.1.529）被發現之後，科學界已經掀起了研究的狂潮。科學家們正在競相研究這種變異的傳播性以及對疫苗的抵抗力。 他們還在努力解決一個謎團：奧密克戎是怎麼來的？
奧密克戎的基因家譜令人意外
科學家用來解開特定冠狀病毒變體起源的關鍵工具之一是檢視其遺傳密碼。就像一個人如果想知道自己的祖先，可以在他們的基因中找到他家族譜系的痕跡，病毒的基因組也包含這種線索。
科學家使用病毒的進化樹（就是其家譜）來研究外來病毒到底是來自何方。通常是透過檢視病毒的基因組，檢查其序列特徵是否與其他地方流行的並且已被測序的病毒相同，從而確定其來源。
隨著科學家繼續在新的區域採集樣本，他們就可以看到每個特定毒株是如何開始逐步獲得額外的突變，直到它變成一個顯著不同的毒株。
但是研究奧密克戎變異株的家譜後，科學家們發現了一個令人吃驚的事實，與它最接近的序列來自於2020年中期，已經超過1年時間了，這是極罕見的。
換句話說，雖然科學家們可以看出這種變異株是從 2020 年年中流行的一種毒株進化而來的，但是其在接下來的時間裡演變成了現在的形式，科學家卻沒有找到他們期望能找到的所有中間版本的蹤跡。
它與最近流行的任何毒株都沒有關係，而它的突變又與 2020 年的毒株相去甚遠。這可怎麼解釋？
第一種假設：動物來源
這種 2020 年中期的毒株有可能感染了一些未知的動物種群，隨著它在它們之間傳播而進化，並且最近又重新傳播到人類身上。
但是有專家並不認可這種猜測。美國西雅圖弗雷德哈欽森癌症研究中心的計算病毒學家和教授特雷弗·貝德福德（Trevor Bedford）說，如果奧密克戎來自動物，應該會在其基因組中看到動物的遺傳物質跡象，但是並沒有，在奧密克戎的進化樹當中有人類基因的插入。
第二種假設：未受監控區域中的“隱秘傳播”
另一種可能性是，2020 年中期的毒株開始在一個沒有進行大量監測的地方傳播。也許在南部非洲的某個地方。這將使病毒一直在監控的盲區下進化。最終，到 2021 年，它已經獲得了足夠多的突變，使其變得更容易可傳播，然後在那時爆發。
但是科學家認為這種“隱秘傳播”發生的可能性也不大。因為如果這種病毒株向奧密克戎演化，併成為一種非常容易傳播的病毒，那麼其早期版本在奧密克戎被發現之前就應該已經更廣泛地傳播了。如果是那樣的話，在擁有強大監控系統的國家和地區肯定會注意到這一點。
理查德·萊塞爾斯 ( Richard Lessells) 是南非德班誇祖魯-納塔爾大學 (University of KwaZulu-Natal) 的傳染病專家，也是在南非發現奧密克戎並向全世界發出警報的團隊的成員。他說，非洲肯定有一些國家沒有對冠狀病毒進行大量取樣，但是南非有七個基因組測序中心，每個中心都與全國的公共和私人診斷實驗室相連，“所以你必須有一個相當大的盲區才能錯過幾個月內真正在發展的東西”。
第三種假設：在某個免疫功能低下的人中潛伏
然而，確實有一個地方，讓該病毒可以潛伏下來，然後進化成奧密克戎，並且能夠躲過醫療健康部門的監控——某個人的身體裡面。
特別是免疫系統受到抑制的人，例如由於未獲治療的HIV感染。在這種情況下，人的免疫系統仍然足夠強大，可以防止冠狀病毒殺死他們。但還不足以徹底清除病毒。所以病毒一個月又一個月地在人體內徘徊，不斷繁殖。每次複製都有可能獲得一個突變，使其更好地逃避人體產生抗體的免疫細胞。
這就像是一場貓捉老鼠的遊戲，在這種遊戲中，免疫反應在追逐，病毒在奔跑。然後在差不多一年的時間裡，這個人身上進化出一種相當了得的病毒變種。
萊塞爾斯是透過追溯分析一系列冠狀病毒樣本來證明這一現象的研究人員之一，這些樣本是在大約六個月的時間內從一名感染艾滋病毒的女性身上採集的。
在她的醫療護理過程中發生了一系列不幸的意外事故，後來發現在那段時間裡她沒有因感染艾滋病毒而得到適當的治療。
“因為我們在這六個月期間從幾個不同的時間點獲得了樣本，”萊塞爾斯說，“我們可以展示病毒是如何進化的，並且隨著時間的推移，樣本中出現了一些與關注的變體相同的突變的變體。”
如果這就是奧密克戎變種產生的過程，那麼大概直到最近，它才最終從孵化它的人傳播給其他人。
至於為什麼奧密克戎在免疫受損個體體內進化的早期階段不會發生這種傳播，科學家們目前還沒有確定的答案。
為什麼瞭解奧密克戎的來源很重要
在短期內，對奧密克戎的來源做出有根據的猜測，可以為評估如何認真對待來自變體的威脅提供資訊。例如，如果奧密克戎在幾個月的時間裡已經在大量人群中演化而沒有被發現，那麼這表明它實際上並沒有那麼容易傳播。
但如果奧密克戎是在一個人的身體中進化，並且直到最近才傳播到更廣泛的人群中，那麼這意味著現在正在檢測到的傳播水平是在更短的時間內到達的。這就表明該變體更容易傳播。
