山本五十六
山本五十六是日本少有的、具有戰略眼光的軍事家之一。大多數軍事專家認為，山本五十六應該是當時日本最傑出的海軍戰將。他的主要功績包括對海軍編制和戰術的顯著改進。在太平洋戰爭早期擔任日本海軍聯合艦隊司令策劃並指揮了數次戰役，如偷襲珍珠港以及中途島戰役。山本五十六被認為是一位思維清晰的指揮官，比如他認識到以日本的國力無法支援長期戰爭，公開反對入侵中國東北、與中國爆發全面戰爭、簽署加入三國同盟條約以及與美國交戰。山本熱愛自己的職業，關心士兵，嚴謹守時，雖知危險仍忠於職守，確實是當時最稱職的聯合艦隊司令，無人能夠替代。總的來說山本被認為是一位思維清晰且頗具勇氣的指揮官。
但也有人認為，山本五十六是由於戰爭宣傳的需要被日軍故意“神化”的。單從軍事指揮的能力方面來說，認為山本五十六並不算特別突出，仔細分析他指揮的幾場大的戰役，有人認為分別有以下失誤的地方：
1、偷襲珍珠港：從總體上來說，偷襲珍珠港是成功的。但在政治層面上，這次攻擊對日本其實毫無益處。偷襲珍珠港，導致美國人民被徹底激怒，美國國內對日本民怨鼎沸。山本作為聯合艦隊司令長官，執行這樣的作戰任務時卻坐鎮在國內，與前線相隔數千裡。南雲忠一指揮日軍在對珍珠港進行兩波攻擊之後，沒有進一步對瓦胡島上的重要戰略目標進行補充轟炸，也沒有對位於珍珠港的大型軍事儲油槽進行攻擊，導致此次偷襲實際戰果是有限的，日本唯一的先發制人並沒有得到最大化的利用。
日軍偷襲珍珠港
2、中途島海戰：山本違反了軍事作戰“集中兵力”的基本原則，而且作戰計劃過於複雜。中途島海戰日軍號稱有200多艘艦船出征，組織了數十艘的戰列艦和航空母艦參戰，但到頭來只有南雲忠一的機動艦隊參與了戰鬥；反觀美軍卻把僅有的兵力最大化的集中，從這點來看山本的佈陣並不高明。中途島海戰是太平洋戰爭的轉折點。日軍此次戰役損失了4艘航空母艦、1艘重巡洋艦、全部約250架艦載機、3500餘名人員；而美軍只損失了1艘航空母艦、1艘驅逐艦、150架飛機、307名人員。美軍憑藉此場戰役的勝利，扭轉了開戰以來的被動局面，日本海軍從此失去了開戰以來的戰略主導權。
中途島海戰
3、瓜達爾卡納爾島戰役：作為山本五十六指揮的最後一次大戰役，山本如果能夠堅定用兵全軍整體行動，仍是可以佔據戰場主動權的。但此時他依然是添油戰術，被美軍少而精的艦隊逐一擊破。經過歷時半年多的爭奪，日軍損耗了大量的戰艦與飛機，日軍的傷亡遠超美軍。日本再也無力繼續進行消耗作戰，而最終選擇了撤軍。美軍得以完全佔據瓜島，而後奪取了索羅門群島，最終是整個南太平洋的制海權，美軍由此開始進行了戰略反攻。瓜島戰役是中途島海戰之後日軍在太平洋戰場的又一次戰略性的巨大失敗，也是日軍從戰略優勢走向劣勢的轉折點。
還有軍事專家認為山本將“大和號”戰列艦閒置在離戰場很遠的地方是巨大的錯誤。“大和號”戰列艦是由日本海軍建造的史上最大戰列艦，該艦集結了當時日本最高的技術而建成。
豪華的“大和號”戰列艦
另外，山本指揮下的聯合艦隊擁有明顯的弱點，例如由於缺乏護航，運送戰略物資的商船在美國海軍潛艇部隊的攔截下傷亡慘重，導致日軍後勤線中斷，時常缺乏戰略資源；對於中途島海戰，美國海軍歷史專家直接稱攻擊中途島的行為是“愚蠢之舉”。反觀美軍，無論尼米茲還是斯普魯恩斯、哈爾西等人，指揮能力其實更勝山本一籌。
美國海軍五星上將切斯特·威廉·尼米茲
