1998年，繼《合金彈頭1》後再次迎來了新的系列作品——《合金彈頭2》，也是SNK在收購Nazca後親手打造出的第一款合金系列作品。而SNK也沒有讓玩家們失望，把合金彈頭這個IP發揮到了極致，在可玩性和故事性上超越了第一部。
合金2除去原基礎的玩法外還增加了玩家的狀態轉換系統，比如被紫色的霧氣打到會變成木乃伊，會使人物的移動速度降低並丟失特殊武器，還沒有辦法使用近戰攻擊。還有一種是人物的肥胖狀態，當你拾取足夠多的肉食後，會讓人物變胖能增加人物的火力，而且你拾取的特殊武器和近戰攻擊都會發生外觀變化。
除了這些合金2還新增了兩名女性主角和兩名輔助角色，輔助角色會在遊戲裡出現幫助玩家戰鬥。那麼大家知道在合金2裡面還有一個隱藏的獎勵路線嗎？這個地方是在遊戲裡的第二關，我們在一個滿是凸起的地方一直向右跳就能看到有一盞神燈，我們在這裡等一會就會有燈神出來，會跟我們增加很多分數。
說完這些後你知道合金2裡面主要講的是什麼嗎？
合金2的故事是發生在合金1大戰後的兩年，在合金1裡面我們也說了，摩登最後被關進了監獄裡，而在監獄裡的摩登一直在想方設法的逃出去。果不其然在摩登被關在監獄裡的兩年後，摩登在沒有破壞任何設施的情況下平白無故的消失了，也就是越獄了。
要知道摩登被關的地方可是固若金湯的，想要大搖大擺的走出去那是不可能的，這其中肯定是隱藏著不為人知的秘密。為了查清情況，正規軍的高層把這件事又交給了主角們，並且派出了情報部門的精英菲奧和英里兩名女性成員來協助調查。
主角們首次遇到的敵軍是新加入摩登陣營的阿拉伯叛軍，並且救出了潛入反派中的內應一文字白太郎，也就是我們在遊戲裡救出的那一位會龜派氣功的人質。
主角們在白太郎的幫助下成功擊敗了阿拉伯叛軍和它首領阿布·阿巴斯（就是打完第一關BOSS在右下角舉白旗的那名軍官）。
不過在打完後主角們發現這些叛軍並沒有把摩登救出監獄的實力，更別說讓摩登無緣無故的消失了。為了把情況調查清楚，主角們繼續深入。不過越深入主角們越感覺不對勁，因為他們遇到了復活的木乃伊、巨大的機器人。主角們感覺事情越發的詭異起來。
這時主角們一路前進來到了叛軍的一處地下基地裡，在這裡他們遇到了一些發生變異的人類和一艘超越現有認知的潛艇，這艘潛艇上的武器更像是外星科技。
在擊毀艦艇後主角們最終來到摩登的秘密基地，在這裡他們又遇到了摩登的副將：奧尼爾
經歷一番苦戰後，主角們把奧尼爾送到了虎鯨的嘴裡。不過據說奧尼爾並沒有死，那些從水面上冒出的骨頭是虎鯨的，真是恐怖如斯。
主角們繼續前進，接下來他們遇到了外星生物——火星人，這時摩登成功越獄的謎底算是解開了，原來是摩登跟火星人合作了，而一路上遇到的那些科技產物、木乃伊、變異人都是跟火星人有關係的。
雖然主角們知道了摩登的合作伙伴是火星人，但是摩登和火星人接下來會做什麼，還是沒有搞清楚。終於在主角們一路深入得知，當時被打的節節敗退的摩登，得到了外星人飛船墜落地球的訊息，所以摩登就找到了外星人，要和他們結盟。而外星人由於飛船損壞了便答應了摩登，條件是摩登要幫它們修好飛船，外星人也會給摩登一些外星科技。
主角們搞清事情的真相後，也遇到了摩登，摩登在看到主角們後開始了盡情的嘲笑。但在下一秒誰也沒想到的是火星人突然殺掉了摩登的手下並綁走了摩登。這裡根據官方的劇情是，火星人與摩登結盟後認為人類不配在地球上生產，所以想要滅絕人類，自己霸佔地球。
而接下來，出現了讓玩家們為之震撼的一幕，那就是叛軍為了救回自己的老大，選擇與主角們合作一起進攻火星飛船，但奈何火星人的母艦降臨了，打算對地球發出致命性的一擊。在這危機時刻，一名反叛軍的飛行員駕駛著飛機衝進了火星母艦正在蓄力的炮口裡，直接讓火星母艦喪失了攻擊力。（這段是在致敬電影 獨立日）火星母艦也不得已撤退了，臨走前還把扒光衣服的摩登給丟了下來。而這一次主角一行人並沒有抓捕摩登，可能認為摩登被那塊綁著的鐵板給壓扁了吧。
合金2的故事到這裡就結束了，不得不說SNK在接手合金彈頭後，親自打造出的第一款作品就給了我們很多驚喜，在故事劇情繼續接著初代向外延伸，而且還新增了反派陣營“火星人”是讓人意想不到的。SNK在合金彈頭這個IP上也是下足了功夫的。
