同學都知道文章有五恆量和三變數。做一個疾病恆量都是基本固定的,區別就在於變數中的分子、藥物和通路。那些做腫瘤研究的就非常Happy了,因為已經有了很多現成的資料庫把分子機制都總結好了,直接拿來就行,TCGA就是其中翹楚。
從2006年由美國國家癌症研究所(NCI)和國家人類基因組研究所(NHGRI)聯合啟動,至今已收錄了超過11000位患者、33種腫瘤及配對組織的高通量晶片或測序資料,包括10種罕見腫瘤,對腫瘤研究者來說可謂巨大寶庫。
常見的應用比如:分析腫瘤中基因突變的情況,找到有研究價值的致癌突變;比對腫瘤和正常組織,尋找異常的基因重組現象;分析腫瘤中差異基因的表達,找到有研究價值的基因;分析基因變異情況與預後的關係,探索研究或臨床價值;透過比較基因的表達關係,分析腫瘤中基因的調控網路……
雖然TCGA的官網只有檢索和簡單的分析(17年11月新增了Analysis功能),但仍有其他眾多工具可以實現各種各樣的研究需求。
更美好的是,現在TCGA的檢索技巧、初步的Analysis、資料下載和拓展應用,都融和在一份89頁的解螺旋單元課PPT裡~
主頁面及功能簡介
檢索模式
Analysis模式
資料下載
拓展:利用R語言分析
如此細緻精美的講解,已經驚豔得讓小編說都不會話了。聽內測學員說,這些內容在別的地方收費還不菲,嚇得我又吃了一鯨!
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